Présentes dans le monde entier, les bactéries Clostridium difficile (désormais appelées : Clostridioides difficile) sont des agents infectieux fréquents, responsables de diarrhées chez le cheval, mais également chez d’autres espèces animales ainsi que chez l’être humain. L’infection est causée par des spores très résistantes dans l’environnement, qui sont absorbées par voie féco-orale. Dans le tractus gastro-intestinal, ces dernières germent et redonnent des formes végétatives qui, en fonction de la souche, produisent des toxines et provoquent des symptômes. Si l’être humain contracte cette maladie associée à la prise d’antibiotiques le plus souvent en milieu hospitalier, le cheval est infecté plutôt en milieu ambulatoire. Les bactéries sont excrétées aussi bien par les animaux infectés que par les porteurs sains (chevaux adultes : < 5 %, poulains : jusqu’à 40 %). Comme certaines souches (ribotypes) de C. difficile sont détectées tant chez l’être humain que chez l’animal, la question se pose de savoir si la maladie dont elles sont la cause est une zoonose.

En cas de suspicion clinique d’une infection due à C. difficile, des échantillons de fèces devraient être analysés au moyen d’un test ELISA, afin de déterminer la présence de toxines ; en effet, la culture s’avère souvent positive même chez les chevaux en bonne santé ou pour des souches non pathogènes. Les poulains âgés de moins de quatre semaines ainsi que les juments sur le point de pouliner excrètent souvent des souches pathogènes de C. difficile – en vue de prévenir des infections dans l’écurie, il convient d’en tenir compte et de détenir ces animaux séparément. Ce taux élevé d’excrétion s’explique, chez la jument, par la modification du microbiote autour de la date de poulinage et, chez le poulain, par le fait que son microbiote est immature.